Διακρίνεται σε πέντε τμήματα, τα οποία αλληλοσυνδέονται μεταξύ τους και έχουν έναν κοινό σκοπό: την προστασία των χρηστών του διαδικτύου και την ασφάλεια του Κυβερνοχώρου. Τα πέντε αυτά τμήματα είναι τα εξής:

1.Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης και Διαχείρισης Πληροφοριών

2.Τμήμα Καινοτόμων Δράσεων και Στρατηγικής

3.Τμήμα Ασφάλειας Ηλεκτρονικών και Τηλεφωνικών Επικοινωνιών και Προστασίας Λογισμικού και Πνευματικών Δικαιωμάτων

4.Τμήμα Διαδικτυακής Προστασίας Ανηλίκων και Ψηφιακής Διερεύνησης και

5.Τμήμα Ειδικών Υποθέσεων και Δίωξης Διαδικτυακών Οικονομικών Εγκλημάτων